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皮膚の「悪玉菌」の代表といえば、黄色ブドウ球菌（スタフィロコッカス・アウレウス菌）があげられます。

黄色ブドウ球菌は、同じブドウ球菌といっても無害な表皮ブドウ球菌とは異なり、皮膚を 化膿 ( かのう ) させたり、体に炎症を起こさせたりする菌なのです。 毛嚢 ( もうのう ) 炎（毛穴の炎症）、とびひ、中耳炎、結膜炎、腸炎、食中毒など、皮膚だけでなく、体内でも黄色ブドウ球菌が原因として起こる病気はたくさんあります。ただし、黄色ブドウ球菌は、健康な肌の上では繁殖できません。弱酸性を保っている健康な皮膚の上では、善玉菌たちがしっかりとテリトリーを守り、悪玉菌である黄色ブドウ球菌が繁殖する余地がないのです。ですから、肌トラブルのない人にとっては、それほど恐れる必要のない菌ですが、困るのはドライスキン、アトピー性皮膚炎など、傷つきやすい肌をもっている人の場合です。というのも、黄色ブドウ球菌は、皮膚表面にある傷から内部に感染する菌だからです。たとえ目に見えないような小さな傷でも、内部の組織が露出していれば、黄色ブドウ球菌はそこにとりつき、しみ出てくる体液を食べて増殖します。ドライスキンの人やアトピー性皮膚炎の人が、かゆみを感じて皮膚を掻きむしると角質層に細かな傷ができて、黄色ブドウ球菌が入り込みやすくなるのです。実際、アトピー性皮膚炎の人の肌には、黄色ブドウ球菌が多く検出されるともいわれています。

この黄色ブドウ球菌はやっかいなことに、ごくありふれた菌で、電車のつり革、みんなで使う機械のスイッチやリモコンなど、人がよく触る場所ならどこにでもいる菌なので、完全に除菌しようと思ってもそう簡単にはいきません。それよりも、たとえ軽くても炎症を起こしていたらきちんと医師の治療を受ける、肌に傷をつけないようなソフトなスキンケアの方法を考える、といったことのほうが、黄色ブドウ球菌の繁殖を抑えるのに効果があるといえるでしょう。このほか、皮膚常在菌の一種として、水虫などの原因となる真菌類、水いぼの原因となるヘルペスウイルスなどが一時的に皮膚の上にいることもよくあります。皮膚常在菌の種類と量は、季節や環境、またその人個人の体調によって異なり、いつも同じ菌がいるとは限らないので、あまり神経質になりすぎないほうがいいでしょう。

肌が本来の免疫力さえ失わなければ、体に害をもたらす菌が大繁殖することはありません。